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バイオリソースメタデータベースは、生物遺伝資源であるバイオリソースのメタデータに関するデータレポジトリです

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AGROhttp://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/AGRO

Agronomy Ontology
(Original site: http://www.obofoundry.org/ontology/agro.html)

CHEBIhttp://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/CHEBI

Chemical Entities of Biological Interest Ontology
(Original site: https://www.ebi.ac.uk/chebi/)

CLhttp://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/CL

Cell Ontology
(Original site: https://obophenotype.github.io/cell-ontology/)

CSSOhttp://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/CSSO

Clinical Signs and Symptoms Ontology
(Original site: https://bioportal.bioontology.org/ontologies/CSSO)

CVOhttp://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/CVO

Crop Vocabulary
(Original site: http://agroportal.lirmm.fr/ontologies/CVO)

DOIDhttp://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/DOID

Human Disease Ontology
(Original site: http://www.obofoundry.org/ontology/doid.html)

EDAMhttp://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/EDAM

EDAM bioinformatics operations, types of data, data formats, identifiers, and topics
(Original site: http://edamontology.org)

FALDOhttp://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/FALDO

Feature Annotation Location Description Ontology
(Original site: http://biohackathon.org/resource/faldo)

GOhttp://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/GO

Gene Ontology
(Original site: https://bioportal.bioontology.org/ontologies/GO)

GO_plushttp://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/GO_plus

Gene Ontology Plus
(Original site: https://geneontology.org/)

HOIPhttp://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/HOIP

Homeostasis imbalance process ontology
(Original site: https://bioportal.bioontology.org/ontologies/HOIP)

MAhttp://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/MA

Mouse Adult Gross Anatomy
(Original site: https://bioportal.bioontology.org/ontologies/MA)

MCCVhttp://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/MCCV

Microbial Culture Collection Vocabulary
(Original site: https://bioportal.bioontology.org/ontologies/MCCV)

MEOhttp://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/MEO

Metagenome and Microbes Environmental Ontology
(Original site: https://bioportal.bioontology.org/ontologies/MEO)

MONDOhttp://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/MONDO

Mondo Disease Ontology
(Original site: http://obofoundry.org/ontology/mondo.html)

MONDO20220410http://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/MONDO20220410

Mondo Disease Ontology20220410
(Original site: https://github.com/monarch-initiative/mondo)

MPhttp://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/MP

Mammalian Phenotype Ontology
(Original site: https://bioportal.bioontology.org/ontologies/MP)

MP_internationalhttp://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/MP_international

Mammalian Phenotype Ontology International
(Original site: https://www.informatics.jax.org/vocab/mp_ontology/)

NANDOhttp://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/NANDO

Nanbyo Disease Ontology
(Original site: http://nanbyodata.jp/)

NANDO2http://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/NANDO2

Nanbyo Disease Ontology2
(Original site: http://nanbyodata.jp/)

NCBITaxonhttp://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/NCBITaxon

NCBI Organismal Classification (NCBITaxon)
(Original site: http://wiki.obofoundry.org/wiki/index.php/NCBITaxon:Main_Page)

NCIThttp://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/NCIT

National Cancer Institute Thesaurus
(Original site: https://ncit.nci.nih.gov/ncitbrowser/)

OMIMhttp://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/OMIM

Online Mendelian Inheritance in Man
(Original site: https://bioportal.bioontology.org/ontologies/OMIM)

ORDOhttp://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/ORDO

OrphanetRareDiseaseOntology
(Original site: https://github.com/Orphanet/Orphadata_aggregated)

PATOhttp://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/PATO

Phenotypic Quality Ontology
(Original site: https://bioportal.bioontology.org/ontologies/PATO)

PDOhttp://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/PDO

Pathogenic Disease Ontology
(Original site: https://bioportal.bioontology.org/ontologies/PDO)

POhttp://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/PO

Plant Ontology
(Original site: http://planteome.org)

PRhttp://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/PR

Protein Ontology
(Original site: https://proconsortium.org/)

SDGshttp://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/SDGs

Sustainable Development Goals ontology

SOhttp://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/SO

Sequence Types and Features Ontology
(Original site: http://www.sequenceontology.org/)

TXPOhttp://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/TXPO

TOXic Process Ontology
(Original site: https://toxpilot.nibiohn.go.jp/)

dev_MONDOhttp://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/dev_MONDO

dev_Mondo Disease Ontology
(Original site: https://www.ebi.ac.uk/ols/ontologies/mondo)

hphttp://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/hp

Human Phenotype Ontology
(Original site: https://hpo.jax.org/)

uPhenohttp://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/uPheno

Unified phenotype ontology
(Original site: https://obofoundry.org/ontology/upheno.html)

uberonhttp://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/uberon

Uberon multi-species anatomy ontology
(Original site: http://purl.obolibrary.org/obo/uberon.owl)

バイオリソースメタデータベース

クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
理研BRCバイオリソースメタデータベースクリエイティブ・コモンズ 表示 4.0 国際 ライセンスで提供されています.
本データベースのクレジットは、"BioResource Metadatabase (https://knowledge.brc.riken.jp/) © 理研BRC licensed under 表示 4.0 国際"ですので,利用にあたり必ず表示してください.
バイオリソースメタデータベースはBRCの研究成果を以下の外部データベースを用いて統合しています.

OMA (オルソログ) licensed under 表示 - 継承 2.5.

Bgee (遺伝子発現) licensed under CC0.

DisGeNET (疾患-遺伝子相互作用) licensed under 表示 - 非営利 - 継承 4.0 国際.

KEGG MEDICUS © 金久實(京都大学化学研究所) licensed under CC表示-継承4.0 国際.

理研メタデータベースについて

理研メタデータベースは、理研の成果をより広く研究者の方に活用していただくことを目的に、理研の研究者が公開するデータベースのメタデータを体系的に整理して公開するサービスです。

本データベースでは、メタデータの世界標準技術であるセマンティックウエブやResource Description Framework(RDF)と呼ぶ枠組みに基づいて生命科学系データを公開しています。


W3C Dataset Descriptions: HCLS Community Profile
HCLSProfile_MataDB_ALL.ttl

理研ライフ系データベース基盤の長期的な方向性に関する提言 (最終報告)

理研のバイオインフォマティクスに関する技術検討を行うバイオインフォマティクス検討委員会内に設置された「データベース作業部会」において、理研のデータベースやメタデータ整備に関わる方向性や実施指針が議論されてまいりました。その議論の結果が、「理研ライフ系データベース基盤の長期的な方向性に関する提言(最終提言)」としてまとめられました。理研メタデータベースはこの提言に基づいて開発され公開されています。

PDFファイルのダウンロードはこちらです: LongTermRecommendataions_j.pdf