BioResource MetaDatabase

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AGRO http://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/AGRO: Agronomy Ontology
(Original site: http://www.obofoundry.org/ontology/agro.html)
CHEBI http://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/CHEBI: Chemical Entities of Biological Interest Ontology
(Original site: https://www.ebi.ac.uk/chebi/)
CL http://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/CL: Cell Ontology
(Original site: https://obophenotype.github.io/cell-ontology/)
CSSO http://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/CSSO: Clinical Signs and Symptoms Ontology
(Original site: https://bioportal.bioontology.org/ontologies/CSSO)
CVO http://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/CVO: Crop Vocabulary
(Original site: http://agroportal.lirmm.fr/ontologies/CVO)
DOID http://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/DOID: Human Disease Ontology
(Original site: http://www.obofoundry.org/ontology/doid.html)
EDAM http://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/EDAM: EDAM bioinformatics operations, types of data, data formats, identifiers, and topics
(Original site: http://edamontology.org)
FALDO http://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/FALDO: Feature Annotation Location Description Ontology
(Original site: http://biohackathon.org/resource/faldo)
GO http://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/GO: Gene Ontology
(Original site: https://bioportal.bioontology.org/ontologies/GO)
GO_plus http://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/GO_plus: Gene Ontology Plus
(Original site: https://geneontology.org/)
HOIP http://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/HOIP: Homeostasis imbalance process ontology
(Original site: https://bioportal.bioontology.org/ontologies/HOIP)
MA http://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/MA: Mouse Adult Gross Anatomy
(Original site: https://bioportal.bioontology.org/ontologies/MA)
MCCV http://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/MCCV: Microbial Culture Collection Vocabulary
(Original site: https://bioportal.bioontology.org/ontologies/MCCV)
MEO http://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/MEO: Metagenome and Microbes Environmental Ontology
(Original site: https://bioportal.bioontology.org/ontologies/MEO)
MONDO http://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/MONDO: Mondo Disease Ontology
(Original site: http://obofoundry.org/ontology/mondo.html)
MONDO20220410 http://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/MONDO20220410: Mondo Disease Ontology20220410
(Original site: https://github.com/monarch-initiative/mondo)
MP http://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/MP: Mammalian Phenotype Ontology
(Original site: https://bioportal.bioontology.org/ontologies/MP)
MP_international http://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/MP_international: Mammalian Phenotype Ontology International
(Original site: https://www.informatics.jax.org/vocab/mp_ontology/)
NANDO http://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/NANDO: Nanbyo Disease Ontology
(Original site: http://nanbyodata.jp/)
NANDO2 http://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/NANDO2: Nanbyo Disease Ontology2
(Original site: http://nanbyodata.jp/)
NCBITaxon http://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/NCBITaxon: NCBI Organismal Classification (NCBITaxon)
(Original site: http://wiki.obofoundry.org/wiki/index.php/NCBITaxon:Main_Page)
NCIT http://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/NCIT: National Cancer Institute Thesaurus
(Original site: https://ncit.nci.nih.gov/ncitbrowser/)
OMIM http://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/OMIM: Online Mendelian Inheritance in Man
(Original site: https://bioportal.bioontology.org/ontologies/OMIM)
ORDO http://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/ORDO: OrphanetRareDiseaseOntology
(Original site: https://github.com/Orphanet/Orphadata_aggregated)
PATO http://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/PATO: Phenotypic Quality Ontology
(Original site: https://bioportal.bioontology.org/ontologies/PATO)
PDO http://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/PDO: Pathogenic Disease Ontology
(Original site: https://bioportal.bioontology.org/ontologies/PDO)
PO http://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/PO: Plant Ontology
(Original site: http://planteome.org)
PR http://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/PR: Protein Ontology
(Original site: https://proconsortium.org/)
SDGs http://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/SDGs: Sustainable Development Goals ontology
SO http://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/SO: Sequence Types and Features Ontology
(Original site: http://www.sequenceontology.org/)
TXPO http://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/TXPO: TOXic Process Ontology
(Original site: https://toxpilot.nibiohn.go.jp/)
dev_MONDO http://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/dev_MONDO: dev_Mondo Disease Ontology
(Original site: https://www.ebi.ac.uk/ols/ontologies/mondo)
hp http://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/hp: Human Phenotype Ontology
(Original site: https://hpo.jax.org/)
uPheno http://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/uPheno: Unified phenotype ontology
(Original site: https://obofoundry.org/ontology/upheno.html)
uberon http://metadb.riken.jp/bioresource/ontology/uberon: Uberon multi-species anatomy ontology
(Original site: http://purl.obolibrary.org/obo/uberon.owl)

バイオリソースメタデータベース

理研BRC のバイオリソースメタデータベースはクリエイティブ・コモンズ表示 4.0 国際ライセンスで提供されています.
本データベースのクレジットは、"BioResource Metadatabase (https://knowledge.brc.riken.jp/) © 理研BRC licensed under 表示 4.0 国際"ですので，利用にあたり必ず表示してください.
バイオリソースメタデータベースはBRCの研究成果を以下の外部データベースを用いて統合しています.

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Bgee (遺伝子発現) licensed under CC0.

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KEGG MEDICUS © 金久實（京都大学化学研究所） licensed under CC表示-継承4.0 国際.

理研メタデータベースについて

理研メタデータベースは、理研の成果をより広く研究者の方に活用していただくことを目的に、理研の研究者が公開するデータベースのメタデータを体系的に整理して公開するサービスです。

本データベースでは、メタデータの世界標準技術であるセマンティックウエブやResource Description Framework(RDF)と呼ぶ枠組みに基づいて生命科学系データを公開しています。

W3C Dataset Descriptions: HCLS Community Profile

HCLSProfile_MataDB_ALL.ttl

理研ライフ系データベース基盤の長期的な方向性に関する提言 (最終報告)

理研のバイオインフォマティクスに関する技術検討を行うバイオインフォマティクス検討委員会内に設置された「データベース作業部会」において、理研のデータベースやメタデータ整備に関わる方向性や実施指針が議論されてまいりました。その議論の結果が、「理研ライフ系データベース基盤の長期的な方向性に関する提言（最終提言）」としてまとめられました。理研メタデータベースはこの提言に基づいて開発され公開されています。

PDFファイルのダウンロードはこちらです: LongTermRecommendataions_j.pdf

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